پس از عملیات شستشو برای ضدعفونی کردن دستگاه ها می توان از حرارت یا مواد شیمیایی ضدعفونی کننده و یا هر دو استفاده کرد. در صورتی که پس از عملیات شستشو در جا، آب داغ ۸۰ تا ۹۰ درجه سانتی گراد را به مدت ۲۰ دقیقه در خط پاستوریزه هدایت کنند، دستگاههای مربوطه ضدعفونی شده و برای عملیات بعدی آماده می گردد.

قطعات و ظروف بزرگ را با در معرض قرار دادن با بخار ۹۵ درجه سانتی گراد برای چند دقیقه می توان ضدعفونی نمود.

ضدعفونی کردن وسایل و ظروفی که با شیر در تماس بوده اند را توسط حرارت یا مواد شیمیایی می توان انجام داد.

وسایل کوچک و قابل انتقال را می توان در محفظه بخار به طور معکوس قرار داده و ابتدا با بخار داغ هوای داخل محفظه را بیرون رانده و سپس به مدت ۵ تا ۱۵ دقیقه ظروف را در معرض بخار ۷۵ تا ۹۵ درجه سانتی گراد قرار داده در صورتی که به جای بخار آب محفظه فقط با هوای داغ تأمین شود درجه حرارت آن حدود ۸۰ تا ۹۰ درجه و مدت حرارت دادن ۲۰ دقیقه خواهد بود در این صورت وسایل و ظروف به خوبی ضدعفونی می گردند.

وسایل بزرگ و غیرقابل انتقال از قبیل تانکها و یا شیردانها را میتوان با لوله های متحرک بخار داغ وارد آنها کرده و بدین ترتیب ضدعفونی کرد. در این حالت حتما بایستی طوری بخار داد که جریان داشته باشد و تمام نقاط وسایل را در بر گیرد.

مواد آمونیاکی :

ترکیبات آمونیاکی شاخه دار هم به عنوان ضدعفونی کننده ها در صنایع شیر استفاده میشود. این ترکیبات را می توان از مشتقات کلرور آمونیم به حساب آورد با این تفاوت که به جای چهار هیدروژن آن چهار شاخه از ترکیبات آلی مختلف قرار دارد.

بعضی از این شاخه ها بین ۸ تا ۱۸ کربن داشته و به طور کلی قسمت فعال این ترکیبات ازت آمونیاکی و چهار شاخه آن می باشد. این ترکیبات یون مثبت باردار بوده و معمولا با یک هالوژن همراه هستند.

محلول ۲۰۰ میلیونیم این ترکیبات بدون بو، غیرسمی و در مقابل حرارت باثبات می باشد و می تواند ضدعفونی کننده بسیار مفیدی برای وسایل صنایع شیر در صورت استفاده با آب سبک باشد.

سایر مواد ضدعفونی کننده :

از دیگر مواد ضدعفونی کننده می توان مخلوطی از اسید سیتریک  و اسید فسفریک ۳۰ درصد و حدود ۵ درصد از مشتقات اسید سوفونیک را نام برد محلول ۲۰۰ میلیونیم این مخلوط نه تنها خواص ضدعفونی خوبی دارد بلکه در مقابل آب سخت و یا ترکیبات آلی مقام بوده و رسوب سنگ شیر دستگاهها را می تواند کنترل کند.